Kemisk syntese: Det er meget udbredt inden for kemisk syntese, herunder organisk syntese, polymersyntese og katalytiske reaktioner. Denne type reaktor giver mulighed for blanding og opvarmning af reaktanter ved specifikke temperaturer og tryk for at lette kemiske reaktioner, mens dens forseglede design sikrer operatørsikkerhed.
Life Sciences: Det finder også omfattende anvendelse i life sciences. For eksempel kan magnetisk omrørte reaktorer bruges i cellekultur og fermenteringsprocesser for at øge produktudbytte og renhed. Derudover bruges de til fremstilling af lægemidler og biomolekyler.
Materialevidenskab: Det er også anvendeligt inden for materialevidenskab, såsom i syntesen af nanomaterialer, keramik og metalfinish. Ved at styre temperatur og omrøringshastighed kan reaktoren modificere materialernes struktur og egenskaber.
Brændselsceller: Det er meget udbredt til fremstilling af brændselsceller. Reaktoren letter blanding og opvarmning af forskellige kemiske stoffer for at producere de komponenter, der kræves til brændselsceller.
Ved brug af en magnetisk reaktor skal visse sikkerhedsforanstaltninger overholdes, såsom korrekt installation og justering af magnetomrøreren, undgåelse af brug af for store reaktanter og overvågning af interne tryk- og temperaturudsving.